澳门新葡萄新京威尼斯987自动化系设有“控制科学与工程”一级学科博士学位和硕士学位授予点，建有1个博士后流动站。“控制科学与工程”学科自1962年开始招收研究生。1981年获批全国第一批博士学位授予权，自1985年起一直是国务院学位委员会“控制科学与工程”学科评议组成员单位，2001年建立“控制科学与工程”博士后流动站，2003年建立“控制科学与工程”博士学位授权一级学科点，2007年“控制理论与控制工程”学科被批准为国家重点学科和上海市重点学科、2012年获批上海市一流学科，2017年列入澳门新葡萄新京威尼斯987一流学科建设计划，拥有两个工程硕士专业学位领域，即控制工程领域、仪器与仪表工程领域。自动化系设有5个本科专业，即自动化、电气工程及其自动化、智能科学与技术、人工智能和机器人工程专业。本系依托于教育部直属的澳门新葡萄新京威尼斯987“985优势学科创新平台”，国家“211工程”和国家“双一流”建设计划，面向国家经济建设需要，培养自动化，电气工程及其自动化，智能科学与技术，人工智能和机器人工程等方向的高级专门人才。
自动化系目前在编教师80余人，教师队伍中拥有中国工程院院士、国家杰出青年科学基金获得者、国家973首席科学家、国家有突出贡献的中青年专家、科技部中青年科技创新领军人才、国家优秀青年基金获得者等一批优秀学术骨干。
在科研方面，自动化系围绕澳门新葡萄新京威尼斯987的化工特色背景，依托“能源化工过程智能制造”教育部重点实验室、“过程系统工程”教育部工程研究中心、“石油化工行业智能优化制造”学科创新引智基地(111引智基地)、“石油化工行业智能优化制造”国际合作联合实验室、上海市流程工业智能制造工程研究中心等。近年来，获得5项国家科技进步二等奖、近20项省部级科技奖励一等奖、3项中国专利优秀奖、2项上海市发明创造专利奖发明专利一等奖、以及30余项省部级二等、三等科技奖励。2019年获批国家自然科学基金委“物质转化制造过程智能优化调控机制”基础科学中心项目，并先后承担了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重大项目课题/重点项目等国家各部委各级各类项目和企业重大科技攻关项目300余项，每年发表百余篇SCI/EI论文，取得了一批国内外有影响的研究成果和核心专利技术，并且推广应用。
在教学方面，自动化系注重深化教育改革，精心设计培养方案，拥有国家卓越工程师培养计划专业，自动化专业于2019年入选国家级一流本科专业。本系挑选教学经验丰富、科研能力突出的教师进入一线教学，建有国家一流线下课程《自动控制原理》，多门国家级、市级精品课程，获得上海市级教学成果奖5项。建立了多层次的校企合作机制，加强实习实训基地建设，形成了产学研办学特色，建有国家级工程实践教育中心，产学研合作项目“从科研到人才，全面合作成绩斐然”入选教育部中国高校-大型企业合作人才培养十大案例，产学研合作项目“乙烯生产过程先进控制技术”入选教育部中国高校产学研合作十大优秀案例。
在对外合作交流方面，广泛开展国内外科研、教学合作，多个本科专业与世界知名大学设立了2+2、3+1、3+2的国际交流项目，每年选派教师赴国外开展学术研究、进修访问，并邀请国内外专家来校讲学和开展合作研究。
几十年来，自动化系在校学生历年参加各项国内外竞赛，如国际和国内数模竞赛、程序设计大赛、全国电子设计竞赛、智能车模大赛、全国过程控制仿真大赛等，多次获得比赛一、二等奖。数年来，学院毕业生连续保持高就业率，学生的就业竞争能力强，培养的毕业生遍布各行各业，尤其是在石油化工行业等过程控制及相关行业从事科研、工程和管理等工作，已经获得了社会的广泛认可，深受用人单位欢迎。